Francis Messner leitet das Projekt RELIEN. Er ist ehemaliger Stipendiat der Alexander-von-Humboldt-Stiftung. Zudem war Francis Messner wissenschaftlicher Leiter des CNRS und zeichnete verantwortlich für den Master in Islamwissenschaften an der Universität Straßburg. Als Leiter der Zeitschrift für Religionsrecht (Revue du droit des religions) konzentriert er sich neben Forschungsarbeiten in diesem Bereich auch auf die Beziehungen zwischen Staat, Gesellschaft und Religion. Er ist Mitglied im European Consortium for Church State Studies und Sonderbeauftragter des französischen Erziehungs- und Wissenschafts- und des Innenministeriums. Zudem ist Francis Messner außerordentlicher Professor der Universitäten Como und Sienna und am Institut für Religionswissenschaften in Hanoi und hat zahlreiche nationale und internationale wissenschaftliche Programme im Bereich öffentliche Finanzierung von Religionsgemeinschaften des Religare-Projekts der Europäischen Union geleitet. Francis Messner ist Mitglied des nationalen Islam-Beirats und des wissenschaftlichen Beirats des Instituts für regionales elsässisches-moselländisches Recht.
- Le statut des ministres du culte musulman en France. Etudes comparatives et proposition d’une charte nationale dir F. Messner, Strasbourg, Presses Universitaires de Strasbourg, 2021
- L’enseignement universitaire de la théologie musulmane dir F Messner et A ;M. Ramadan, Paris, Cerf, 2018
- L’affiliation religieuse en Europe dir. F. Messner, Strasbourg, Presses Universitaires de Strasbourg, 2017
- Public Funding of religions in Europe ed. F. Messner, Farnham, Ashgate, 2015
- La formation des cadres religieux en Europe dir. F. Messner, Granada, Comares, 2015
- Traité de droit français des religions sous la dir. de F. Messner, P.H. Prélot, J.M. Woehrling, Paris, Lexis-Nexis, 2013, 2e ed.
- Dictionnaire du droit des religions dir F. Messner, Paris, Editions du CNRS, 2011, 2e ed. 2012