Francis Messner leitet das Projekt INTER-RELIGIO. Er ist ehemaliger Stipendiat der Alexander-von-Humboldt-Stiftung. Zudem war Francis Messner Revue du droit des religions) konzentriert er sich neben Forschungsarbeiten in diesem Bereich auch auf die Beziehungen zwischen Staat, Gesellschaft und Religion. Er ist Mitglied im European Consortium for Church State Studies und Sonderbeauftragter des französischen Erziehungs- und Wissenschafts- und des Innenministeriums. Zudem ist Francis Messner ausserordentlicher Professor der Universitäten Como und Sienna und am Institut für Religionswissenschaften in Hanoi und hat zahlreiche nationale und internationale wissenschaftliche Programme im Bereich öffentliche Finanzierung von Religionsgemeinschaften des Religare-Projekts der Europäischen Union geleitet. Francis Messner ist Mitglied des nationalen Islam-Beirats und des wissenschaftlichen Beirats des Instituts für regionales elsässisches-moselländisches Recht.
- L’affiliation religieuse en Europe dir. F. Messner, Strasbourg, Presses Universitaires de Strasbourg, 2017
- Public Funding of religions in Europe ed. F. Messner, Farnham, Ashgate, 2015
- La formation des cadres religieux en Europe dir. F. Messner, Granada, Comares, 2015
- Traité de droit français des religions sous la dir. de F. Messner, P.H. Prélot, J.M. Woehrling, Paris, Lexis-Nexis, 2013, 2e ed.
- Dictionnaire du droit des religions dir F. Messner, Paris, Editions du CNRS, 2011, 2e ed. 2012